Již dávno neplatí, že jedinou možnou léčbou bradavic je jejich vyříznutí. V dnešní době máme několik variant jejich odstranění, jejichž volba je závislá na zdravotním stavu pacienta, rozsahu a lokalizaci bradavic a jejich typu. Cílem léčby je co nejšetrnější odstranění, pokud možno bez zanechání jizvičky. Bradavice mají častou tendenci k recidivě, proto je jejich léčba zdlouhavá.
Nejrozšířenější metou je doposud kryoterapie, při níž dochází k podchlazení bradavice tekutým dusíkem. Při něm vzniká puchýř, který oddělí bradavici od epidermální vrstvy. K zhojení dochází v rozmezí jednoho týdne, povětšinou bez vzniku jizvy. Nevýhodou je značná bolestivost. U menších bradaviček může stačit jedno ošetření, avšak zejména na ploskách nohou je nutné zákrok několikrát opakovat.
Poslední dobou se stává čím dál oblíbenějším způsobem odstraňování bradavic laserem. Jeho výhody jsou zřejmě, v porovnání a kryoterapií je bolest jen mírná. Vzhledem k tomu, že na kůži nezůstávají patrné jizvy, je z estetických důvodů velmi vhodný k zásahům v oblasti obličeje či jiných viditelných míst. K léčbě může být použito několik druhů laserů, běžně se setkáváme s erbiovým laserem a pulzním barvivovým laserem. Prvně jmenovaný pracuje na principu odpařování postižené tkáně. Pulzní laser emituje světlo, které ovlivňuje drobné cévky vyživující bradavici. Při zákroku povětšinou není nutné použít jakékoliv znecitlivění, avšak v případě přání je možné použít lokální anestezii či znecitlivující krém. Ani při tomto druhu ošetření se nevyhnete jeho opakování.
Chirurgické řešení se volí jen v případech rozsáhlejšího výskytu bradavic a kondylomat. Provádí se v lokální anestézii a velice často se kombinuje s dalšími léčebnými metodami. U nitkovitých bradavic se k odstranění využívá ostré lžičky, jíž se vyškrábne či rozžhavené kličky elektrokauteru. Svoje místo v léčbě citlivých jedinců mají i psychoterapeutické postupy, které staví na pozitivní stimulaci imunitního systému.
Revoluci v léčbě bradavic vyvolali tzv. imunostimulační léky, které dokáží v místě aplikace zvýšit produkci interferonu a tím posílit imunitu kožních buněk. Oproti ostatním metodám léčby dosahují poměrně vysokého procenta úspěchu. Jejich nevýhodou je však poměrně vysoká cena, proto se používají prozatím jen u léčby kondylomat. Jejich chirurgické odstraňování je značně nepříjemné, proto je jako alternativa nabízen krém Imiquimod. Ten si pacient sám maže 3x týdně na postižená místa a nechá přibližně 8 hodin působit. Poté ho důkladně omyje. Léčba trvá v průměru u žen 8 týdnů a u mužů 12. Celou léčbu si však pacient hradí sám.